工藤新一，一名高中生侦探，因追查黑衣人犯罪团伙而被发现，被迫变回小孩。为了隐藏身份，他找到阿笠博士并得到了一件间谍武器。他决定隐姓埋名，暗中继续追查团伙。他的女友毛利兰找到了他，为了不暴露身份，他编造了一个名叫江户川柯南的假名，并寄居在小兰家中。他与毛利小五郎一起办案，继续追查黑夜人。此外，他还与步美等小学生组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战。